Die Vleugels-Orgel in der Klosterkirche
Im Sommer 1982 reifte in der Abtei Schäftlarn der Entschluss, den Bau einer neuen Orgel in Angriff zu nehmen. Zu offenkundig waren die Mängel des pneumatischen Instruments, das im Jahre 1910 die Münchner Hoforgelbauwerkstätte Maerz-Schönle in das bestehende Rokoko-Gehäuse von 1762 von Anton Bayr eingebaut hatte.
Am 15. Februar 1994 wurde der Orgelbauvertrag mit der Firma Vleugels aus Hardheim unterzeichnet, die nach mannigfaltigen und unvorhersehbaren Schwierigkeiten das Instrument am 13. Oktober 1996 der Abtei übergeben konnte. Die Disposition der Orgel entspricht vermutlich der originalen Registeraufstellung. Der Orgelsachverständige der Erzdiözese München und Freising, der Organist Dr. Michael Hartmann stellt in der Festschrift zur Orgelweihe fest: "Ein altbayerisches Urkloster wie Schäftlarn muß eine Orgel im süddeutschen Klangstil haben: warme Flöten, helle Streicher, runde, nicht aggressive Klangfülle. Das Gesamtrepertoire der Orgelmusik des 18. Jahrhunderts erfordert eine behutsame Ergänzung der Spielmöglichkeiten."
Realisiert wurde diese durch eine Erweiterung des Manual- wie des Pedalumfangs um je fünf Halbtöne; nur so sind die Werke von Johann Sebastian Bach spielbar. Nach dem Vorbild anderer süddeutscher Orgeln wie denen von Weingarten und Ottobeuren ergänzte man die in der alten Bayr-Orgel nicht disponierten Zungenstimmen. Im Sinne Bach'scher Tradition wurde zusätzlich ein Glockenspiel eingeplant und um einen "von den Isarauen herüberschallenden" Vogelschrei erweitert, den der Orgelbauer noch mit einem Paukenschlag kontrapunktierte.